Die Matratze macht ein Wasserbett erst zu dem was es ist, und gerade hier liegen die Unterschiede im Bezug auf die Qualität und den Liegekomfort von Wasserbetten. Die Arten der Befüllung der Matratzen sind sehr unterschiedlich und auch das Material zur Stabilisierung unterscheidet sich sehr voneinander. Anfangs wurden die Wasserbetten nur mit Wasser befüllt und hatten eine sehr glatte Oberfläche, die aus Vinyl bestand. Genannt wurden diese Matratzen „freeflow“ und waren recht unstabil.
Zudem verfügten sie über eine sehr große Übertragung der Bewegungen, was besonders bei der Nutzung der Wasserbetten von zwei Personen gleichzeitig als störend empfunden wurde. Inzwischen sind die Matratzen der Wasserbetten durch Zylinder, unterschiedliche Kammern und integrierte Vliesmatten so gut stabilisiert, dass die Wellenübertragungen enorm reduziert werden konnten. Zudem verfügt ein modernes Wasserbett über Matratzen mit einer extremen Dehnfähigkeit, sodass die Anpassung an den individuellen Körper des Schlafenden perfekter nicht sein kann. Des Weiteren gibt es ein sog. Dualsystem, bei dem ein Wasserbett über zwei voneinander unabhängige Matratzen verfügt. Hierbei besitzt es dementsprechend auch zwei Wasserkerne und zwei Heizungen.
Damit können die unterschiedlichen Ansprüche der Nutzer an das Wasserbett optimal erfüllt werden, denn hier kann nicht nur die Temperatur der Matratze individuell eingestellt werden, sondern die Übertragung der Wellen bei Bewegungen erfolgt nicht auf die benachbarte Matratze. Zusätzlich kann man diese Matratzen durch eine Trennwand mit einer Thermoisolierung versehen. So wird zum einen verhindert, dass die Wärme von der einen Betthälfte auf die andere übertragen wird und auch die Schwingungen bei Bewegungen können nicht weitergeleitet werden.